De gezondheidsperikelen van het Friese paard lijken grotendeels op die van de Wetterhoun. Bij KFPS (Koninklijk Friesch Paarden-Stamboek), en het directe wereldje daaromheen, wordt hierover een constante discussie gevoerd. Een vergelijkbaar debat werd in 2011 en 2012 binnen de NVSW (Nederlandse Vereniging van Staby- en Wetterhounen) gevoerd over het voortbestaan van de Wetterhoun.
Erfelijke ziekten, te hoge inteelt- en verwantschapspercentages, vertrekkende bestuursleden, gezondheidsonderzoeken, wetenschappelijke instituten, showkeuringen, kritiek op oplossingen en instandhouding unieke eigenschappen van het ras: vormen meer dan een handvol ingrediënten over de instandhouding van het Friese paard en de Wetterhoun.
Ids Hellinga, voormalig KFPS-directeur deelde in 2021 mede dat het inteeltpercentage van het Friese paard met succes verlengd is van 6,7% in1960 naar 1,8% in 2020. Dit komt door betere fokstrategieën, schrijft Omrop Fryslân. Hier dient beslist aan worden toegevoegd dat 65 jaar geleden de populatie van het Friese paard veel kleiner van omvang was. En ondanks die fokstrategieën het aantal erfelijke ziektes een zorgelijke kwestie is en blijft.
Een naar voren gebrachte oplossing de inteelt bij het Friese paard te verminderen is een ander ras in te kruisen. Dit blijkt een beladen onderwerp, omdat een groep liefhebbers bang is dat unieke eigenschappen verloren gaan. Een nog betere methodiek is het fokken van diverse kruisingen uit andere paardenrassen die gelijkenis vertonen met het Friese ras. Uit deze poule van kruisingen kunnen volgens een uitgekiende methodiek de beste exemplaren worden ingezet, waardoor inteelt- en verwantschapspercentages omlaag gaan.
De NVSW lanceerde rond 2011 de zogenaamde outcross-methodiek om de Wetterhoun te redden. Dit hield in: het druppelsgewijs inkruisen van andere hondenrassen bij de Wetterhoun en vervolgens exemplaren van de nieuwe generatie weer terugfokken op een 100% Wetterhounteef. Echter, hierdoor nemen inteelt- en verwantschapspercentages niet beduidend af.
De naar voren gebrachte systematiek in de voorlaatste alinea bij het Friese paard, werkt bij de Wetterhoun beter, zoals bij overigens alle bedreigde rassen.
Wiebe Dooper, historicus
De Fryske Hounen, 1997. De stabij, Bijke in alle opzichten, 2004. De wetterhoun, een eigenzinnig fenomeen, 2005
Geraadpleegde bron:
https://www.omropfryslan.nl/nl/nieuws/17136047/inteelt-genetische-gezondheid-en-de-toekomst-van-het-friese-paard-uitdagingen-voor-het-kfps